Bereits in jungen Jahren war Jonathan "Johnny" Schmid auf lokaler Ebene viel unterwegs. Nachdem es bei den Racing Junioren nicht weiterging, spielte er ab 2007 für Schiltigheim, Bischheim und Offenburg, bevor er 2008 vom SC Freiburg verpflichtet wurde. Mit der U19 der Breisgauer unter Jugendtrainer Christian Streich, gewann er 2009 den deutschen A-Junioren Pokal an der Seite von Oliver Baumann und Nicolas Höfler. Danach spielte Schmid meist mit der zweiten Mannschaft in der Regionalliga, bevor er 2011 mit 20 Jahren seinen ersten Profivertrag bekam.

Ende 2011 setzte sich Jonathan Schmid in der Profimannschaft des SCF durch. Bis 2015 verpasste der Straßburger nur wenige Pflichtspiele, meist verletzungsbedingt. So kam er in seinem ersten Karriereabschnitt im Breisgau auf 131 Einsätze für die erste Mannschaft und erzielte dabei 22 Tore sowie 34 Vorlagen. Nach dem Abstieg des SCF 2015 in die zweite Bundesliga, wechselte Schmid zur TSG Hoffenheim.

Im Sommer 2015 wechselte Jonathan Schmid von Freiburg nach Hoffenheim. Anfangs noch in der Stammelf unter den Trainern Markus Gisdol und Huub Stevens, wurde er in der zweiten Saisonhälfte 2015/16 unter dem neuen Trainer Julian Nagelsmann nur noch sporadisch berücksichtigt. Noch im TSG Kader am Anfang der Saison 2016/17, wechselte Schmid Ende August 2016 zum FC Augsburg. Insgesamt kam er für die TSG auf 24 Einsätze und vier Tore.

Nach seiner kurzen Station bei der TSG Hoffenheim, wechselte Johnny Schmid zum FC Augsburg, wo er drei Saisons blieb und insgesamt 81 Spiele absolvierte. Am 15. April 2017 empfing der FC Augsburg mit Jonathan Schmid den 1. FC Köln. Bereits nach fünf Minuten legte Schmid für Hinteregger auf, der per Kopf die Führung erzielte. Verhaegh erzielte per Foulelfmeter den 2-0 Endstand in der 23. Minute. Dabei blieb es, obwohl in der Schlussphase zwei Augsburger - Koo und Finnbogason - des Feldes verwiesen wurden.

Nach einem Jahr im Kraichgau und drei weitere Spielzeiten beim FC Augsburg wechselte Jonathan Schmid 2019 zum Verein zurück, bei dem er Jahre zuvor seinen Durchbruch geschafft hatte: dem SC Freiburg. Dem Elsässer wurde von Trainer Christian Streich die Rolle des rechten Außenverteidigers zugewiesen. Auf dieser Position spielte er die gesamte Saison als fester Bestandteil der Stammelf durch. Er verpasste vereltzungbedingt lediglich ein Spiel, im Dezember gegen den FC Bayern.

Wenige Wochen vor dem Covid-bedingten Lockdown, spielte Jonathan Schmid am 15.02.2020 für den SC Freiburg gegen seinen ehemaligen Verein FC Augsburg. Die Freiburger erreichten ein 1-1 Unentschieden und konnte ihre europäischen Ambitionen untermauerten. Mit fünf Toren und zwei Vorlagen trug Schmid in dieser Spielzeit zum sehr guten Abschneiden des SCF bei. Die Breisgauer verpassten allerdings mit einem achten Tabellenrang denkbar knapp den letzten Europa League Qualifikationsplatz, den sich der VfL Wolfsburg mit nur einen kleinen Punkt Vorsprung auf den SC sicherte.

Mit 30 Jahren ging Johnny Schmid in seine siebte Saison mit dem SC Freiburg. Bis auf drei Spiele, die er verletzungsbedingt fehlte, stand er bei allen Bundesliga- und DFB Pokalspielen 2020/21 der Breisgauer auf dem Platz. Im März 2021 brach er zudem den Rekord von Franck Ribéry und wurde mit seinem 274. Bundesligaspiel alleiniger "Rekord-Franzose" in der Bundesliga. Für den SC Freiburg absolvierte der Straßburger mittlerweile 199 Pflichtspiele, was ihn in die Top 20 der Rekordspieler des Vereins beförderte.