Nach Neugründung der ersten japanischen Liga 1992, war die frühere Werksmannschaft des Elektronik-Konzerns Panasonic zunächst eines der schwächeren Teams und stand nicht selten am unteren Ende der Tabelle, ohne jedoch abzusteigen. Erst im Jahre 2005 konnte Gamba in einem denkwürdigem Finale dem Lokalrivalen Cerezo Osaka am letzten Spieltag den erstzen Tabellenplatz entreißen und so seine erste japanische Meisterschaft feiern

Der größte Erfolg der Vereinsgeschichte wurde 2008 mit dem Gewinn der AFC Champions League erreicht, mit unter anderen dem japanischen Nationalspieler Yasuhito Endo und dem brasilianischen Torjäger Lucas Sévérino.

Der 11-fache japanische A-Nationalspieler Satoru Yamagishi spielte von 2001 bis 2008 bei JEF United Chiba, in der japanischen J-League. Über Kawasaki Frontale wechselte er zu Sanfrecce Hiroshima, wo er zwischen 2012 und 2015 drei mal japanischer Meister wurde. Mit JEF United absolvierte Yamagishi 161 Spiele, erzielte 26 Tore und gewann 2005 und 2006 zwei mal hintereinander den Japanese League Cup.

Der achtfache A-Nationalspieler Montenegros Igor Burzanovic spielte bei Buducnost Podgorica und Roter Stern Belgrad, bevor er 2009 mit knapp 24 Jahren den Sprung in die japanische J-League wagte. Bei Top-Klub Nagoya Grampus spielte er im offensiven Mittelfeld unter Trainer Dragan Stojkovic eine wichtige Rolle und krönte diese Zeit mit dem japanischen Meistertitel 2010. Igor Burzanovic verließ Nagoya Ende 2011 und spielte daraufhin mehrere Jahre in Thailand, Kasachstan und China, bevor er 2016 in seine Heimat Montenegro zurückkehrte und dort 2019 seine Karriere beendete.

Mit dem Yokohama FC aus der benachbarten Hafenstadt, ist der FC Tokyo einer der wenigen großen Vereine Japans, der ohne westliches Kunstwort in Vereinsnamen auskommt. Seit seiner Gründung 1998 aus dem ehemaligen Tokyo Gas FC, spielte der Hauptstadtverein bis auf 1999 und 2011 in der J1, der ersten japanischen Liga. Der Meistertitel allerdings, blieb ihnen bislang seit der Neugründung 1998 verwehrt.

In Zusammenarbeit mit großen Universitäten Tokyos entwickelt der FC Tokyo seine Fußball Talente. Namenhafte Beispiele: die Nationalspieler Yoshinori Muto (später Mainz 05, Newcastle United) oder Tekefusa Kubo (später RCD Mallorca, CF Villareal).

Lange in der J-League 2 unterwegs, konnte der Yokohama FC Ende 2019 in die J1 aufsteigen. Unter anderem im Kader die mittlerweile 53-jährige japanische Fußball Legende Kazuyoshi Miura, auch King Kazu genannt. Der 89-fache A-Nationalspier war unter anderem in Brasilien beim FC Santos und in Italien beim FC Genoa 1893 aktiv.